Résumé du film - Portugal, 1917. Trois jeunes bergers du village de Fatima, Lucie, Jacinthe et François, sont témoins de phénomènes étranges. Chaque 13 du mois, une « Dame venant du ciel » se manifeste à eux et leur parle. Les habitants de Fatima, apprenant cela, n’en croient pas un mot et se moquent des enfants tandis que le gouverneur de la région souhaite arrêter la « mascarade » afin d’éviter des troubles à l’ordre public. Mais petit-à-petit, la foule des curieux s’agrandit… Le 13e jour livre le récit déroutant des apparitions de Fatima sous un angle esthétique inédit tout en respectant la chronologie historique des événements.